В начале 1989 г. Ходорковский устанавливает контакт с Дубовым Владимиром Матвеевичем, через родителей которого он получил выходы на ряд крупных чиновников в высших структурах власти — вплоть до М.Горбачева. Именно с разрешения Горбачева в банке «МЕНАТЕП» были открыты расчетные счета Фонда ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. Объем средств Фонда был огромен. Около 60% из них разошлось по различным структурам «МЕНАТЕПА», значительная часть этих средств была расхищена, чему в государственных структурах имеются документальные подтверждения.
/тра-ла-ла/

В деловых кругах распространено мнение, что банк «МЕНАТЕП» был создан на «партийные деньги», что обеспечило ему довольно устойчивое существование даже в тяжелые периоды.
В период пребывания Ходорковского на руководящем посту в Минтопэнерго В. Сурков (руководитель рекламы «МЕНАТЕПА») был советником аппарата правительства РФ по «Publik Relations».

Но тесная связь Ходорковского с госструктурами не мешала ему присоединяться время от времени к предпринимательским инициативам, в которых выражался протест против некоторых невыгодных банкирам решений.

Ходорковский входит в «постоянную группу» публичных спикеров банковской элиты, регулярно выступающих в СМИ (наряду с руководителями АРБ, Инкомбанка и СБС).

В марте 1992 г. «МЕНАТЕП» объявил о начале реализации программы «Весеннее действие», которая предусматривала привлечение финансовых ресурсов для расширения добычи и переработки энергоносителей, в первую очередь нефти, и организации выпуска на оборонных предприятиях оборудования для нефтегазовой и строительной отраслей. В этих целях планировалось до конца 1992 г. аккумулировать не менее 50 млрд. долларов, в том числе с участием РТСБ и Кредобанка. Тогдашний министр топлива и энергетики, принадлежащий к «команде Гайдара» В. Лопухин активно протежировал «МЕНАТЕП».

В 1990 году уехал в США, где поступил в Уортонскую школу бизнеса. Пресса цитировала его слова о том, что к этому шагу его побудило «разочарование в себе как в физике».

В 1992—1995 годах работал во Всемирном банке, где являлся экспертом по российской банковской системе в отделе развития частного сектора.

С 1995 по 1998 год занимал пост генерального директора компании «Альянс-Менатеп» (инвестиционно-брокерская компания в группе Михаила Ходорковского). С декабря 1996 года работал вице-президентом и начальником инвестиционного управления банка «Менатеп». В феврале 1997 года стал заместителем председателя правления и начальником инвестиционного управления банка «Менатеп».

В 1997—2000 годах — генеральный директор инвестиционного фонда «New Trinity Investments».

В этот период, после прочтения обзора аналитика Morgan Stanley Мэри Микер о состоянии и перспективах бизнеса в интернете] Мильнер пришёл к идее создания интернет-компании. За инвестициями он обратился к своему старому знакомому по «Менатепу» Григорию Фингеру, руководившему в тот момент российским отделением американского инвестиционного фонда New Century Holding (NCH). Фонд согласился инвестировать 4,5 млн долларов США с условием, что Мильнер и Фингер вложат по 750 тысяч долларов США из личных средств. В 1999 году Мильнер, Фингер и NCH создали компанию NetBridge