Несмотря на то, что региональные власти иногда консультируются с шаманскими организациями, признавая их влияние на религиозную часть общества, взаимоотношение шаманов с другими религиями складываются не всегда однозначно, случались и конфликты.

Так, в 2011 году в Республике Алтай местные шаманы обратились в региональный парламент (Эл Курултай) с просьбой запретить ставить православные поклонные кресты в священных для алтайцев местах. При установке крестов местная епархия консультировалась с чиновниками, но не с шаманами. Одна из авторов обращения Нина Киндикова отметила, что «повсеместная установка крестов на источниках и священных горах означает неуважение верования коренного населения региона — алтайцев». Тогда депутаты пообещали, что будут более тщательнее утверждать места для поклонных крестов.

В православной церкви шаманов неоднократно характеризовали как сектантов и колдунов, а их деятельность считают деструктивной. Протоиерей Андрей Ткачев на своей странице на сайте «Елицы» пишет, что на каждого священника приходится «по 10 экстрасенсов». При этом, к шарлатанам он относит всех шаманов, в том числе и состоящих в зарегистрированных религиозных организациях.