Книгу «Вторая польско-украинская война. 1942—1947» (оригинальное название: Друга польсько-українська війна. 1942—1947) тоже критиковали историки: Игорь Ильюшин, Андрей Портнов, Гжегож Мотыка, Анджей Земба, Пер Андерс Рудлинг, Гжегож Россолински-Либе, А. Л. Сова.
В этой работе Вятрович интерпретирует события 1939—1947 годов, в том числе Волынскую резню, как войну между поляками и украинцами.

Портнов пишет, что Вятрович пытается доказать непричастность лидеров ОУН к уничтожению поляков и утверждает, будто Волынская резня была стихийным восстанием украинских крестьян. Портнов называет эту книгу политически ангажированной.

Мотыка, Рудлинг, Россолински-Либе утверждают, что Вятрович в случае с поляками использует риторику и игнорирует факты так же, как и в теме уничтожения евреев. Рудлинг рекомендует читать книгу только для знакомства с явлением исторического ревизионизма. Мотыка и Сова утверждают, что книга полезна для изучения истории СС-Галичины и судьбы украинцев в Польше в 1945—1947 годы, но в целом неудачна.

С критикой Вятровича выступал историк Колумбийского университета Тарик Сирил Амар, сравнивая его работу о Шухевиче с пропагандой. Амар писал, что Вятрович игнорирует роль ОУН(б) в Холокосте на Украине.

Профессор Парижского университета Дельфин Бештель относит Вятровича к представителям новой радикальной школы украинских историков, перед которыми правительство с момента прихода к власти Виктора Ющенко поставило задачу опровергнуть участие ОУН и УПА в Холокосте на Украине. Над этой задачей, по её словам, работали управляемые государством организации: Институт национальной памяти, «Центр исследований освободительного движения» и Служба безопасности Украины.
Исследователь Оксфордского университета Уиллем Блэкер, анализируя деятельность музея «Тюрьма на Лонцкого» и «Центра исследований освободительного движения», называет Вятровича известным националистическим историком. Блэкер обращает внимание, что в экспозициях музея, на территории которого убивали евреев во время львовского погрома 1941 года, замалчивается участие ОУН в этом погроме. К националистам относит Вятровича историк Джон-Пол Химка, комментируя интервью Вятровича, в котором тот оправдывал убийства поляков украинскими националистами.

Ведущий сотрудник ИНИОН РАН Алексей Миллер полагает, что Вьятрович занимается не историей, а исторической политикой:
« …я думаю, например, о сотруднике этого Института [национальной памяти] и советнике председателя Службы Безопасности Владимире Вятровиче, который занимается глорификацией УПА, ОУН и их лидеров — Бандеры и Шухевича. Некоторое время назад он опубликовал книгу об УПА, где многие документы, неудобные для его концепции, были проигнорированы, где он использовал как подлинные те документы, которые были подделаны после войны теми, кого они дискредитировали в своей оригинальной версии. Ему указали на эти ошибки в рецензии, авторы которой подарили ему «привилегию сомнения». То есть они не обвинили его в сознательной фальсификации, но трактовали это именно как ошибки. И вот когда он просто проигнорировал эту рецензию — все стало на свои места. Он занимается не историей, а исторической политикой. Он нас не услышит, а если услышит, то без зазрения совести проигнорирует. »

Польский историк Гжегож Грицюк (польск.)русск. называет работу Вятровича о Волынской резне «весьма далекой от достойного уровня традиционной (и даже постмодернистской) историографии и методологии», отмечая, что автор повторяет лживую версию, появившуюся в 1943 году.

Американский историк Джаред Макбрайд полагает, что работы Вятровича объединяет стремление оправдать украинцев, несмотря ни на какие факты. Макбрайд пишет, что праворадикальные украинские националисты изображаются Вятровичем как трагические борцы за свободу, иногда вынужденные надеть нацистскую форму, совершенно непричастные к Холокосту и осуществлявшие «симметричные» ответные действия во время Волынской резни. Все документы из советских архивов, свидетельствующие о преступлениях ОУН-УПА, Вятрович просто объявляет фальшивкой, а историков, критикующих такой подход, — пособниками пропаганды. Несмотря на многочисленные негативные отзывы от историков, Вятрович активно цитируется в украинских СМИ. Как пишет Макбрайд, именно Вятрович был инициатором принятия законов о декоммунизации, которые фактически закрепляют законодательные ограничения свободы слова.

По мнению украинского историка Юрия Радченко, Вятрович лишь выдает себя за академического ученого, являясь на самом деле пропагандистом и апологетом ОУН(б); он также отмечает, что Вятровича не считают на Западе серьёзным историком. Радченко, однако, считает, что применение к Вятровичу определения «ультраправый» является преувеличением
Историки обвиняют самого Вятровича и сотрудников его Центра исследований освободительного движения в том, что с целью обеления ОУН и УПА они в своих научных работах фальсифицируют исторические документы, а также ограничивают доступ к материалам, которые могут представить деятельность украинских националистических организаций в невыгодном свете[29]. Польский историк д-р А. Запаловский называет Вятровича «лицом, однозначно дисквалифицированным в мировом научном сообществе как исторический лжец и манипулятор».

Планы декоммунизации, разработанные Вятровичем, также критикуются. Политолог Кость Бондаренко считает, что эта политика приведёт к негативным последствиям
« Запретить коммунизм, как и любую другую идеологию, невозможно. Запреты только усиливают интерес. Особенно это касается молодежной среды. Запрет идеологии одним поколением политиков означает, что следующее поколение, бунтуя против политических «родителей», обязательно возродит запрещенную идеологию, еще и с приставкой «нео» или «пост». »

В марте 2009 года разразился скандал, связанный с выставкой в Севастополе, посвящённой голоду на Украине в 1932—1933 годах, поскольку выяснилось, что четыре из шести документальных фотографий, оказались подделками: вместо подлинных снимков были представлены фотографии, сделанные во время Великой депрессии в США и голода в Поволжье в 1921—1922 годах. Депутат Городского совета Севастополя Андрей Меркулов отметил, что настоящие три снимка были найдены им на сайте, посвящённому периоду Великой депрессии в США: одна из фотографий была сделана Бенджамином Шаном в октябре 1935 года в штате Арканзас, а другая — в штате Оклахома. В свою очередь Вятрович признал, что при организации выставки были допущены серьезные ошибки.

30 марта 2017 года глава иерусалимского отделения Центра Симона Визенталя Эфраим Зуроф и историк, специалист по истории Холокоста и украинского национализма Пер Андерс Рудлинг в статье в The Jerusalem Post отмечали.
« Открытый, честный и доверительный диалог о роли ОУН и УПА во время Второй мировой маловероятен до тех пор, пока Вятрович руководит УИНП. Предоставление этому государственному пропагандисту трибуны на международном научном форуме не только легализирует его деятельность, но и вредит исследованиям ученых.