Станция критикуется за крайне высокую стоимость, что вызывает сомнения в её окупаемости. Еще на старте проекта в 2007 году министр экономического развития и торговли Герман Греф отметил:[18]
Стоимость одного киловатта установленной мощности плавучей атомной станции (ПАТЭС) — $7200. Это никогда не окупится. Это в семь раз выше, чем в теплогенерации.

Необходимо отметить, что за время продолжительного (12 лет) строительства ПАТЭС ее стоимость значительно увеличилась по сравнению с оценками 2007 года.

Технологический цикл ПАТЭС подразумевает 12-летнюю кампанию, после чего плавучий энергоблок необходимо отбуксировать на специализированное предприятие для среднего ремонта и перегрузки ядерного топлива, на что отводится год. В результате ПАТЭС не может быть единственным источником энергоснабжения и требует строительства резервного энергоисточника, обеспечивающего снабжение потребителей электроэнергией и теплом в то время, когда ПАТЭС проходит ремонт и перезагрузку топлива. Для резервирования ПАТЭС в Певеке запланировано строительство новой ТЭЦ мощностью 48 МВт, ориентировочной стоимостью 18,9 млрд рублей[19].

Из-за территориальной удалённости Певека от Билибино, ПАТЭС не сможет в полной мере заместить выводимую из эксплуатации Билибинскую АЭС (в первую очередь, в части теплоснабжения Билибино). В связи с этим в Билибино запланировано строительство резервной дизельной электростанции мощностью 24 МВт и водогрейной котельной, работающей на дизельном топливе, общей стоимостью 13,1 млрд рублей. Кроме того, для выдачи мощности ПАТЭС в район Билибино необходимо строительство линий электропередачи стоимостью 30,2 млрд рублей[20].