Во время июньских событий погибло 103 человека, из них 52 турка-месхетинца, 36 узбеков, травмы и увечья получили 1011 человек, было ранено 137 военнослужащих внутренних войск и 110 работников милиции, один из них скончался; было сожжено и разграблено 757 жилых домов, 27 государственных объектов, 275 единиц автотранспорта. Судами за участие в беспорядках было осуждено к 1991 г. около 100 человек, двое (Т.Парпиев и Г.Хуриев) — к смертной казни.

По официальным данным, всего за время конфликта убито 893[23] человека, более 1500 ранено. По неофициальным сведениям уже в первые дни беспорядков погибло около 800 человек[24][25]. Вечером 14 июня независимые СМИ озвучили цифру более, чем в 2000 погибших