В августе 2020 года из-за проблем с сосудами Хуан Борха перенёс ампутацию ноги в больнице города Уэльвы. В начале сентября был госпитализирован в больницу де ля Каридад в Севилье.

28 апреля 2021 года скончался в Севилье на 66-м году жизни в результате осложнений после операции.