11 декабря 2006 года вместе с сыном задержан в Москве и этапирован в Новосибирск. Миронову предъявлено обвинение по статье 282 УК РФ (возбуждение национальной, расовой или религиозной вражды). Обвинение было связано с выборами 2003 года, когда Миронов баллотировался на пост губернатора Новосибирской области. По мнению прокуратуры, в агитационных материалах Миронова содержались антисемитские выпады. Борис Миронов в одном из интервью признаёт, что «не любит евреев"[15].

Прокуратура назначила социально-психологическую судебную экспертизу агитационных материалов Миронова. Эксперты не обнаружили призывов к насильственному захвату власти или изменению конституционного строя Российской Федерации во фразе «Вставайте, люди русские!».