Однако начиная с 1960 года для ЦРУ наступила эпоха публичных скандалов.
1 мая 1960 года демонстративно бесцеремонный полет через советскую территорию пилотируемого Фрэнсисом Гэри Пауэрсом самолета U-2 была прерван советской ракетой "земля-воздух" в небе над Свердловском. Поначалу американцы попытались ввести в действие легенду прикрытия, заявив, что это был самолет разведки погоды, который сбился с курса. Однако оставшийся в живых Пауэрс дал показания, что работал на ЦРУ. Разразился международный скандал.
В апреле 1961 года была проведена катастрофическая по своим последствиям высадка десанта в бухте Кочинос, ознаменовавшая собой попытку военного вторжения на Кубу. Примерно 1400 кубинских эмигрантов, завербованных и прошедших подготовку в ЦРУ, попытались проникнуть на родину и организовать восстание против режима Кастро, но были наголову разгромлены. В результате этого провала, вызванного, в первую очередь, вопиющими просчетами в организации операции, Даллес был вынужден уйти в отставку.
После этого ЦРУ разработало план "Монгуз", предусматривающий физическое устранение непокорного кубинского лидера. План был утвержден президентом Кеннеди, но несмотря на бесчисленные покушения (поговаривали даже о занесении его в этой связи в Книгу рекордов Гиннеса) Фидель Кастро остался жив и невредим, и до сих пор правит Кубой.
Активное участие принимало ЦРУ и в войне во Вьетнаме. В ходе организованной им операции "Феникс" в 1967-1971 гг. были уничтожены десятки тысяч жителей Южного Вьетнама, подозревавшихся в симпатиях к коммунистам. Действовало ЦРУ и на территории Лаоса.
Начало 70-х годов ознаменовалось для ЦРУ новой серией скандалов. Но если предыдущие скандалы были связаны с провалами ЦРУ на международной арене, то эти уже касались деятельности ЦРУ внутри страны. Первым из них стал в 1972 году знаменитый "Уотергейт" — попытка тайно установить подслушивающие устройства в штаб-квартире Демократической партии США. 22 декабря 1974 года репортер "Нью-Йорк Таймс" Сеймур Херш опубликовал список злоупотреблений властью, допущенных ЦРУ, включая длившуюся на протяжении 20 лет операцию по незаконной перлюстрации корреспонденции рядовых американских граждан и организаций. Директор ЦРУ Уильям И. Колби признал, что эта операция имела место, но настаивал на том, что ЦРУ ее свернуло.
Начавшийся процесс разоблачений было весьма сложно остановить. В прессу просочилась информация об экспериментах ученых из ЦРУ по контролю над человеческим сознанием (по крайней мере, один из них закончился смертью подопытного). Появились известия об организациях, контролируемых и служащих прикрытием для операций ЦРУ: например, Национальная студенческая ассоциация США, журналы "Дер Монат" в Германии и "Инкаунтер" в Великобритании.
Затеяв очередной крестовый поход против "империи зла", Рейган нуждался в дееспособном разведывательном инструменте. При нем были приняты специальные поправки, освобождающие ЦРУ от части наложенных на него ограничений.
Подобная политика Рейгана привела к очередному скандалу, связанному с проведением операции "Иран-контрас". В ходе этой операции предполагалось в обход Конгресса тайно продать американское оружие Ирану в обмен на освобождение американских заложников, а вырученные деньги направить на финансирование мятежных сил "контрас" в Никарагуа. В результате информация об этом всплыла наружу, в адрес ЦРУ в очередной раз посыпались обвинения в том, что оно стоит "над законом", однако после длительных и неприятных сенатских разбирательств дело было замято.
В 1991 году "холодная война" закончилась победой США. Советский Союз был уничтожен. Львиная доля заслуг в этом принадлежит американским спецслужбам, и в первую очередь ЦРУ.
По причине очевидного провала массового заброса шпионов в Советский Союз американцы были вынуждены искать новые пути получения разведывательной информации.
В 1952 году в ЦРУ был разработан план крупномасштабной операции под кодовым названием "Моби Дик", согласно которому планировалось на протяжении ближайших лет запустить в воздушное пространство СССР и других социалистических стран тысячи беспилотных воздушных шаров для ведения аэрофотосъемки интересующих объектов. Предполагалось, что шары, пущенные по заранее определенным воздушным течениям, пролетят над СССР с запада на восток, сфотографируют цели и будут встречены в Тихом океане.
Операция "Моби Дик" началась в 1954 году. В качестве ее прикрытия было объявлено о начале широкой научной программы метеорологических исследований.
Каждый разведывательный шар имел грузоподъемность в 650-700 кг и, кроме 300 кг балласта, нес аэрофотосъемочную аппаратуру, большой запас пленки и технические устройства для определения координат снимаемой местности, общим весом до 350 кг. С мая 1954 по декабрь 1956 г. в советское воздушное пространство были запущены тысячи таких шаров. За один только январь 1956 года с американских баз в Турции их было выпущено более 500 штук.
Однако в итоге операция не принесла тех результатов, на которые рассчитывали ее инициаторы. Плохая управляемость шаров, высокая их стоимость (каждый шар обходился в 50 тыс. долларов), а также хорошая работа ПВО социалистических стран, неоднократно устраивавших выставки сбитой шпионской аппаратуры, заставили, в конечном итоге, свернуть эту программу.