Кубинская революция и восхождение Фиделя Кастро уничтожили все перспективы Лански. В канун Нового 1958 года Батиста стал спешно готовиться к побегу в Доминиканскую республику, а затем оттуда сбежал в Испанию, где и умер в изгнании. Мародёры разграбили почти все казино Лански, разрушив здания, а 8 января 1959 года Кастро вступил в Гавану. По одной из легенд, Лански встречался лично с Кастро и Че Геварой во дворе дома правительства, где был открытый тир — там Кастро и Че упражнялись в стрельбе. Лански настаивал на отказе от национализации казино, а в случае национализации готов был потребовать компенсацию. Однако получил ультиматум с требованием немедленно покинуть страну (и явной угрозой расправы в случае отказа), после чего вынужден был подчиниться требованиям Че Гевары и Кастро и уехал с Кубы навсегда. Президент Мануэль Уррутия Льео закрыл все казино, а в октябре 1960 года все гостиницы были национализированы окончательно и азартные игры были объявлены вне закона. В итоге Лански потерял от 7 до 17 миллионов долларов США, а после того, как были закрыты казино в Майами, ему остались только доходы в Лас-Вегасе.

14 мая 1948 года, спустя 11 минут после провозглашения государственного суверенитета Израиля, Меер Лански перевёл часть личных средств на счёт Государства Израиль, обязавшись в дальнейшем регулярно передавать 10% своей прибыли в израильскую казну .