Весной 1996 года президент США Билл Клинтон дал ЦРУ санкции на применение «любых средств» для ликвидации созданной бин Ладеном сети. В мае 1996 года Судан под давлением США изгнал бин Ладена, и тот вместе с другими руководителями "Аль-Каеды" вновь оказался в Афганистане, где стал сотрудничать с радикальным исламским движением "Талибан", которое в то время контролировало большую часть страны
23 февраля 1998 года бин Ладен совместно с аль-Завахири и руководителями ряда радикальных исламских организаций Египта, Пакистана и Бангладеш выпустил фетву, объявляющую о создании "Международного исламского фронта за джихад против евреев и крестоносцев", в которой, в частности, допускалось уничтожение американских гражданских лиц в любом месте мира
5 августа (по другим данным - 7 августа) 1998 года произошли взрывы в американских посольствах в Танзании и в Кении, в результате которых погибли 223 человека
Несмотря на то, что бин Ладен отрицал свою причастность к этим терактам, 20 августа США нанесли ракетные удары по лагерям "Аль-Каеды" в Афганистане, а также по фармацевтической фабрике в столице Судана Хартуме, на которой люди бин Ладена, согласно подозрениям американских спецслужб, изготовляли химическое оружие
12 октября 2000 года в Аденском порту был атакован американский эсминец "Коул", что явилось причиной гибели 17 американских моряков. Ответственность за этот теракт была возложена на "Аль-Каеду"
Согласно ряду американских источников, в этот период "Аль-Каеда" вела разработку «оружия массового поражения», о чем еще в августе 1998 года президенту США Клинтону сообщила группа его советников . В частности, утверждалось, что якобы на базах "Аль-Каеды" - в каких странах указано не было - проводились опыты по созданию биологического и химического оружия. Сообщалось также о попытках захвата "Аль-Каедой" ядерного оружия в одной из стран постсоветского пространства. Страна указана не была.
"Аль-Каеда" с конца 1990-х годов регулярно связывалась с тренировочными лагерями для террористов. К январю 1994 года бин Ладен финансировал три тренировочных лагеря в Северном Судане, в которых проходили обучение террористы шести стран. В 1995 году были организованы такие же лагеря в Северном Йемене. В дальнейшем «Аль-каида» развернул сеть лагерей в Афганистане, где проходили подготовку террористы.