Cудьба отца Анатолия Чистоусова сложилась промыслительно. Военный, с двумя дипломами о высшем образовании, он мог сделать неплохую карьеру. Однако желание посвятить себя служению Богу перевесило все мирские доводы. В 1992 году он стал посещать богослужения в Крестовоздвиженском храме г. Ставрополя, а уже через год – подает рапорт об увольнении из Вооруженных сил. Домашние были удивлены такой переменой в жизни главы семьи, а жена попыталась даже не пускать его в храм. Потом смирилась.

21 марта 1994 года о.Анатолий Чистоусов был направлен в распоряжение благочинного церквей Чечни, которым тогда был протоиерей Петр Нецветаев. Получив назначение, о.Анатолий без промедления отправился в Грозный, где уже в то время было неспокойно и взрывоопасно.

В декабре 1994 года в Грозном начались широкомасштабные военные действия. Храм оказался в эпицентре боев; одним из первых снарядов был разрушен второй этаж церковного дома, несколько снарядов попало в храм. Но богослужения продолжались теперь уже в подвале. О. Анатолий в подряснике бесстрашно шел среди пуль и снарядов к солдатам, к находившимся в подвалах домов жителям города: исповедовал, причащал, крестил. Его подрясник был в нескольких местах прострелен пулями, но он вновь и вновь шел к тем, кто его ждал.

По свидетельству участника боевых действий в Грозном - офицера спецназа ВДВ - в то время, когда его подразделение было окружено и держало оборону в здании грозненского вокзала, чеченские боевики, уже отчаявшись взять вокзал штурмом, стали пытаться психически сломить наших ребят. Главная роль была отведена в этом деле правозащитнику и ныне депутату Государственной Думы Сергею Ковалеву. Как рассказал офицер ВДВ, Ковалев при помощи громкоговорителя призывал десантников сложить оружие, так как они являются "преступниками и убийцами". Спецназовцы после этих слов не открыли огонь на поражение только потому, что они видели в группе боевиков рядом с Ковалевым православного священника. Уже потом стало известно, что этим священником был отец Анатолий Чистоусов, насильно приведенный чеченскими бандитами для того, чтобы, подобно Ковалеву, призывать десантников сдаться. Но отец Анатолий отказался что-либо говорить и лишь молча перекрестил наших ребят.

Согласно имеющимся свидетельствам, после похищения отец Анатолий содержался в лагере департамента государственной безопасности Ичкерии в районе села Старый Ачхой. Здесь священник Русской Православной Церкви был расстрелян, приняв мученическую кончину от рук своих похитителей.

Это подтверждается, в частности, соответствующим актом от 14 февраля 1996 года, который был составлен ответственными сотрудниками службы безопасности при президенте Ичкерии и заверен военным прокурором республики.

Среди переданных Московской Патриархии документов имеется фотография тела священника Анатолия Чистоусова, сделанная его палачами после расстрела.

В продолжение всего периода, когда судьба отца Анатолия оставалась неизвестной, Священноначалие Русской Православной Церкви предпринимало решительные усилия по вызволению похищенного священника, равно как и иных клириков и чад Церкви, плененных в Чечне. В одних случаях узники в конечном итоге обретали свободу, в других были казнены бандитами и упокоились в селениях праведных.

Русская Православная Церковь молится о священнике Анатолие Чистоусове, до конца достойно исполнившем свой пастырский долг в труднейших обстоятельствах и запечатлевшем верность Христу даже до смерти, а также о его вдове и детях.

Вдова отца Анатолия Любовь живет в провинциальном русском городке вдвоем с матерью-инвалидом Ларисой.