Меншиков неоднократно уличался в присвоении казённых средств и выплачивал крупные штрафы. «Где дело идёт о жизни или чести человека, то правосудие требует взвесить на весах беспристрастия как преступления его, так и заслуги, оказанные им отечеству и государю… — считал Пётр — …а он мне и впредь нужен».

В январе 1715 года вскрылись казённые злоупотребления Меншикова. Основной капитал составили отнятые под разными предлогами земли, вотчины, деревни. Специализировался на отнятии у наследников выморочного имущества. Также Меншиков укрывал раскольников, беглых крестьян, взимая с них плату за проживание на своих землях.

После смерти Лефорта Пётр сказал о Меншикове: «Осталась у меня одна рука, вороватая, да верная».

Дело о злоупотреблениях тянулось несколько лет, на Меншикова наложено было большое взыскание, но активным участием в осуждении на смерть царевича Алексея в 1718 году (его подпись в приговоре стояла первой) вернул себе монаршую милость. С созданием Государственной Военной коллегии (1719) сделан её первым президентом, с оставлением в должности Санкт-Петербургского генерал-губернатора, отвечал за обустройство всех вооружённых сил России. После заключения Ништадтского мира, завершившего длительную войну со шведами, Меншиков был произведён 22 октября 1721 года в вице-адмиралы.

В 1722 году вскрылись новые злоупотребления Меншикова, но и теперь он сумел сохранить своё влияние, благодаря жене Петра Екатерине.

В 1723 году Меншиков имел свой флаг на корабле «Фридрихштадт». 11 августа 1723 года, во время церемонии встречи флотом ботика, «дедушки русского флота», исправлял на нём должность лоцмана и бросал лот.

В мае 1724 года Меншиков присутствовал при коронации Екатерины I Петром в императрицы, шёл по правую руку от царя[9].

Тем не менее, именно в 1724 году терпение Петра I лопнуло: за значительные злоупотребления Меншиков, наконец, лишился своих основных должностей: президента Военной коллегии (сменён А. И. Репниным в январе 1724 года) и генерал-губернатора Санкт-Петербургской губернии (сменён П. М. Апраксиным в мае 1724 года). Однако в январе 1725 года Пётр допустил Меншикова к своему смертному одру, что было расценено как прощение.