5 сентября 1960 года решением президента Касавубу был снят с должности главы правительства (правительство в самом деле не функционировало, в основном по вине "бескомпромисного" Лумумбы, не желающего заниматься согласованием между разными его членами, но и президент не предложил никакой альтернативы) и отправлен под домашний арест. В ответ тот заявил по радио о незаконности смещения, так как его поддержал парламент. 6 сентября лидеры основных партий, которые составляли правительственную коалицию, заявили о поддержке бывшего главы кабинета, однако в это время войска ООН захватили радиостанцию и закрыли доступ на неё членам правительства.
7 сентября палата депутатов большинством в ¾ голосов аннулирует решения президента и Лумумбы о взаимном снятии с должности. Однако, из-за конфликта с Бельгией уже была потеряна запланированная изначально возможность для консультативного разрешения подобных кризисов в переходное к независимости время.

8 сентября Сенат подтвердил данное решение, однако ООН продолжала игнорировать правительство и удерживать захваченные аэродромы и радиостанцию.

14 сентября начальник главного штаба вооруженных сил Мобуту Сесе Секо заявил о нейтрализации Лумумбы для мирного решения конфликта, предотвращения втягивания страны в гражданскую войну. Был выписан ордер на арест Лумумбы (с одним из обвинений, что он собирается установить иностранную военную диктатуру с помощью сил СССР, что, вероятно, не было правдой), он был помещен в тюрьму, но практически сразу выпущен.

Потерявший власть Лумумба продолжал пытаться действовать как премьер-министр, несмотря на существование нового правительства, признанного 24 ноября ООН. Когда сторонник Лумумбы Антуан Гизенга (который станет премьер министром через 45 лет) поднял восстание в одной из провинций, Лумумба отправился 27 ноября туда, чтобы присоединиться к единомышленникам. Но по дороге 1 декабря был задержан военными Конго, а позже при не до конца выясненных обстоятельствах попал в руки катангских сепаратистов и был расстрелян без суда.