В начале 1990 года вместе с открытым гомосексуалом Романом Калининым организовала «Ассоциацию сексуальных меньшинств» и Либертарианскую партию, затем входила в руководство других ЛГБТ-организаций — в частности, центра «Треугольник» (вместе с Машей Гессен)[3]..

"Если бы белые догадались выдвинуть против нас идею мужицкого царя, мы бы и недели не продержались у власти".

В 1999—2001 гг. — в партии «Демократический выбор России», в 2001—2008 гг. — в «Союзе правых сил» (СПС). В 2000—2003 гг. — советник председателя фракции СПС в Государственной Думе РФ Бориса Немцова.

В оппозиции Владимиру Путину с 2000 года. На президентских выборах 2000 года поддерживал Григория Явлинского.

С февраля по май 2011 года Кара-Мурза от имени российской оппозиции вел в Конгрессе США переговоры «о расширении категорий лиц, подпадающих под действие визовых санкций» в рамках законопроекта «Об ответственности и верховенстве закона» имени Сергея Магнитского, предусматривающего запрет на въезд в США и замораживание финансовых активов в США для российских чиновников, ответственных за «грубые нарушения прав человека»[17]. Добился внесения в окончательный текст законопроекта ссылок на нарушения прав на свободу «самовыражения, союзов и собраний, а также права на справедливый суд и демократические выборы»[17]. Выступал в поддержку законопроекта на слушаниях в Конгрессе США[18] и Европейском парламенте[19]. В рамках продвижения «Закона Магнитского» проводил встречи с членами Конгресса США вместе с Борисом Немцовым[20], Михаилом Касьяновым[21] и Гарри Каспаровым[22]. Обосновывая необходимость принятия законопроекта, в частности, писал: «Кремлевским чиновникам, которые хотели бы и дальше… „править как Сталин, а жить как Абрамович“, придется выбирать.

На время Гражданской войны Белые правительства ставили перед собой задачу свержения советской власти и установления на удерживаемых территориях режима военной диктатуры. При этом вновь вводилось в силу законодательство, действовавшее в Российской империи до революции, скорректированное с учётом приемлемых для Белого движения законодательных норм Временного правительства и законов новых «государственных образований» на территории бывшей Империи после Октября 1917 г. Политическая программа Белого движения в области внешней политики провозглашала необходимость соблюдения всех обязательств по договорам с союзными государствами. Казачеству было обещано сохранение самостоятельности при формировании собственных органов власти и вооружённых формирований. При сохранении территориальной целостности страны для Украины, Кавказа и Закавказья рассматривалась возможность «областной автономии»

Белое движение в общем тяготело к кадетским общественно-политическим ценностям и именно взаимодействие кадетов с офицерской средой определило как стратегические, так и тактические установки Белого движения. Монархисты и черносотенцы составляли лишь небольшую часть Белого движения и правом решающего голоса не пользовались.

Временное правительство оказалось неспособным решить ни одной из экономических проблем, вызвавших революцию. Обесценивание рубля за восемь месяцев его деятельности оказалось примерно таким же, как и за предшествовавшие три года тяжёлой войны, госдолг России в течение 1917 года вырос с 33,6 до 60 млрд руб. Несмотря на все свои усилия, правительство не смогло организовать продразвёрстку вследствие сопротивления крестьян; продолжились перебои в снабжении городов хлебом, топливом, а также сырьём для заводов, что провоцировало их закрытие и, как следствие, забастовки. Уже в марте 1917 года в Петрограде были всё же введены карточки на хлеб из расчёта 1 фунт на человека в сутки, а в сентябре норма была сокращена до полуфунта.

Февральская революция нанесла серьёзнейший удар по армии.Крупным провалом стала политика демократизации армии, приведшая к резкому падению её боеготовности, массовому дезертирству и множеству эксцессов в виде самосудов над офицерами. Взяв курс на продолжение войны «до победного конца», Временное правительство столкнулось с созданными им же самим трудностями — потерей управляемости армии, массовым дезертирством. Непосредственным результатом стал полный провал июньского наступления 1917 года. В июле на фронте были восстановлены упразднённые во время революции военно-полевые суды, но это не поправило дела. В городах вооружённые солдаты втянулись в политическую борьбу, в деревнях дезертиры призывали к захвату земли