До катастрофы в Шереметьево SSJ-100 терпел крушение 9 мая 2012 года в Индонезии в ходе демонстрационного полета около Джакарты. Тогда лайнер врезался в склон горы Салак, погибли все находившиеся на борту 45 человек. Причиной ЧП стала ошибка пилотирования.

Также в истории Sukhoi Superjet 100 есть две аварии, когда пострадали люди. 21 июля 2013 года в аэропорту Кефлавик (Исландия) во время испытаний предсерийный экземпляр SSJ-100 приземлился с убранными шасси. На борту находились пять человек, один из них получил травмы. 10 октября 2018 года SSJ-100 при посадке в аэропорту Якутска выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы. Из 92 находившихся на борту людей четверо обратились за медицинской помощью.

Согласно данным из открытых источников, за последние восемь лет SSJ-100 попадал в небольшие аварии (без пострадавших и погибших) не менее 25 раз. В 2019-м году самолеты этого типа 13 марта и 9 февраля вынужденно приземлялись в Шереметьево. В первом случае — из-за треснувшего лобового стекла, во втором — из-за неисправной гидравлики.
В 2018-м инциденты были зарегистрированы 12 октября и 7 февраля в Шереметьево, 12 июля в ЛИИ имени Громова (Подмосковье) и 18 июня в Барнауле. В 2016 году самолеты вынужденно сажались в аэропортах Якутска (5 декабря), Набережных Челнах (21 ноября), Владивостока (3 сентября), Омска (27 июля). У лайнеров не срабатывали датчики закрылок, стоек шасси или экипаж получал сигнал о других технических неисправностях.

В 2013—2015 годах аварийные посадки самолеты SSJ-100 совершали в Хабаровске, Челябинске, Анапе, Кефлавике, Одессе и два раза в Москве. Проблемы возникали со створками шасси, также происходило заклинивание стабилизатора хвостового оперения, в Одессе у лайнера отказал двигатель. В 2011—2012 годах аварийные ситуации с лайнерами SSJ-100 возникали восемь раз — в Нижнем Новгороде, Москве, Казани, Минске. Помимо проблем с шасси в данных случаях сообщалось о частичной разгерметизации салона и неполадках в системе кондиционирования.

В 2018 году BBC со ссылкой на внутренние документы «Аэрофлота» писало, что в авиакомпании называют SSJ-100 самым аварийным из своих самолетов. В частности, за один только февраль 2018 года «Аэрофлот» якобы зафиксировал 12 внештатных ситуаций с этими с самолетами (всего по всем типам воздушных судов — 21 инцидент за месяц).