После того как рыцари-иоанниты избрали Великим Магистром Мальтийского ордена императора Павла I, Мальта формально вошла в число территорий Российской империи.
Современники, близко знавшие императора Павла I, отмечали «черты рыцарственности в его характере. Именно эти черты он возвел в принцип своего бытового и общественного поведения». Особенно ярко рыцарская идея Павла Петровича проявилась в отношениях с Орденом Святого Иоанна, христианской организации с богатой историей, рыцари которой сражались с мусульманскими захватчиками и отражали набеги североафриканских пиратов. Ордену, несмотря на неблагоприятные обстоятельства, удалось уцелеть, главным местом его дислокации стал остров Мальта, а когда для Ордена наступили особенно тяжелые времена, его руководство стало искать помощи у России и Павла I. И русский рыцарь-император их поддержал, что впрочем, соответствовало не только его благородному характеру, но и национальным интересам России.
Уже Екатерина II осознавала стратегическую важность Мальты и отмечала необходимость иметь здесь российского дипломата: «по политическим резонам содержать… поверенного человека». При Екатерине Россия вернула статус великой морской державы, а в условиях постоянных войн с Турцией, военно-морская база на Средиземном море была крайне необходима.
В то же время Мальта стала разменной картой в геополитической борьбе Англии и Франции. Целью Англии было спровоцировать военные действия Франции против Мальты и тем самым втянуть Россию в войну с Францией. Столкнуть якобинцев-антиклерикалов с религиозным Орденом было не трудно, в 1792 году деятельность Ордена на территории Французской республики была запрещена, имущество конфисковано, а спустя шесть лет французские войска захватили последний оплот иоаннитов — Мальту. Для императора Павла, который с августа 1797 года являлся протектором Ордена, оккупация территории, защитником которой он поклялся быть, означала личный вызов. Россия вступила в антифранцузскую коалицию, в ноябре 1798 года Павел удостоился титула гроссмейстера Ордена, а декабре того же года рыцари избрали российского монарха Великим магистром Мальтийского Ордена. Российский император продемонстрировал тем самым готовность России оказывать помощь католикам в борьбе с якобинцами.
Несмотря на то, что такое назначение нельзя назвать легитимным, во-первых, согласно уставу Орден может возглавить лишь католик, во-вторых его избрание не признали некоторые испанские и итальянские иоанниты, римский понтифик Пий VI признал это избрание и назвал российского императора «другом человечества и защитником угнетенных».
Гроссмейстер предоставляет в России убежище рыцарям-госпитальерам, Мальта объявляется находящейся под защитой России, а Андрею Николаи, президенту Петербургской Академии наук, поручено на картах и в календаре остров Мальта обозначить как губернию Российской империи. Годом позже, в Петербург иоанниты перенесут древние христианские святыни: частицу древа Креста Господня, Филермскую икону Божией Матери и десницу святого Иоанна Крестителя. Эмблема Ордена войдет в проект обновленного Государственного герба России.
Поскольку Россия стала участником антифранцузской коалиции, она направила в северную Италию армию под командованием Суворова, а эскадру под командованием Ушакова — в Средиземное море.
В рамках действий антифранцузской коалиции, в декабре 1798 года последовало подписание двух договоров, в котором Россия, Англия и Неаполь договорились о порядке введения на оккупированную французами Мальту гарнизонов. Валлетту, столицу острова, должен был занять русский гарнизон, а управлять островом должен был военный совет, ключевые посты в котором принадлежали русским.
Свои обязательства перед союзниками Россия выполнила, однако англичане их нарушили. Они склонили Неаполитанского короля, который благодаря русским морякам вернул свои владения, отказаться от договора и не передавать остров под управление иностранной державы. Русская эскадра, освободившая Ионический архипелаг и южную Италию, была готова выбить французов и с Мальты. Федор Ушаков Средиземноморский поход хотел завершить штурмом последнего форпоста французов на Средиземноморье. «Я весьма бесподобно сожалею, что дела наши и приготовления в рассуждении Мальты расстроились и, так сказать, все труды пропали», — с горечью отмечал прославленный адмирал.
Павел I не безосновательно считал, что сегодняшний союзник в одночасье может обернуться врагом и ударить по нашему флоту, поэтому отдал приказ эскадре о возвращении домой. Мальту в августе 1800 года захватили англичане, и свыше полутора столетий остров находился в их руках. Российская дипломатия нанесла ответный и довольно ощутимый удар по вероломному союзнику. Геополитический расклад и союзнические блоки стали стремительно перестраиваться, Петербург решил наладить дипломатические отношения с Парижем. В столицу Франции был отправлен опытный дипломат Колычев, которому удалось договориться об обмене пленных, французы со своей стороны освободили 8 тысяч русских военнопленных. В планах было обсуждение и судьбы Мальты, очевидно, что в решении этого вопроса Наполеон пошел бы навстречу России (что подтверждает последующий договор об обеспечении России и Франции «свободы морей»). Однако, находясь в Париже, Колычев получил известие о кончине императора Павла I, в его смерти явно проступает английский след. Англия сделала всё для того, чтобы база на острове осталась за ней. В какой-то степени Мальта стоила императору Павлу I жизни.
Его преемник на троне, Александр I отказался от титула гроссмейстера Мальтийского ордена , и легитимная причина для вхождения Мальты в состав России была ликвидирована.
