Уголовная палата применила к Радищеву статьи Уложения о «покушении на государево здоровье», о «заговорах и измене» и приговорила его к смертной казни. Приговор, переданный в Сенат и затем в Совет, был утверждён в обеих инстанциях и представлен Екатерине.
4 сентября 1790 года состоялся именной указ[10], который признавал Радищева виновным в преступлении присяги и должности подданного изданием книги, «наполненной самыми вредными умствованиями, разрушающими покой общественный, умоляющими должное ко властям уважение, стремящимися к тому, чтобы произвести в народе негодование противу начальников и начальства и наконец оскорбительными и неистовыми изражениями противу сана и власти царской»
Шеф жандармов Долгоруков даёт такую характеристику Чернышевскому: «Подозревается в составлении воззвания „Великорусс“, в участии составления прочих воззваний и в постоянном возбуждении враждебных чувств к правительству»
12 июня 1862 года Чернышевский был арестован и размещён в одиночную камеру под стражей в Алексеевском равелине Петропавловской крепости по обвинению в составлении прокламации «Барским крестьянам от их доброжелателей поклон». Воззвание к «Барским крестьянам» было переписано рукою Михайлова и передано Всеволоду Костомарову, оказавшемуся, как потом выяснилось, провокатором[12].
В служебной документации и переписке между жандармерией и тайной полицией назывался «врагом Российской Империи номер один». Поводом для ареста послужило перехваченное полицией письмо Герцена к Н. А. Серно-Соловьевичу, в котором упоминалось имя Чернышевского в связи с предложением издавать запрещённый «Современник» в Лондоне.