Первое убийство под видом эвтаназии произошло в 1939 году. По просьбе супругов Кнауеров умертвить их малолетнего сына, являвшегося глубоким калекой, и с разрешения А. Гитлера ребёнок был усыплён в университетской клинике Лейпцига.[25] После этого А. Гитлер приказал своему личному врачу К. Брандту и начальнику канцелярии фюрера Ф. Бухлеру лично «заниматься делами, аналогичными делу младшего Кнауера». Программа эвтаназии юных граждан возникла в канцелярии фюрера.[16]
Уже в июле 1939 года состоялось совещание Гитлера с рейхсфюрером по делам здравоохранения, доктором Леонардо Конти, директором рейхсканцелярии Гансом Генрихом Ламмерсом и Мартином Борманом; на совещании обсуждалась возможность распространения программы детской эвтаназии на «психически неполноценных» взрослых.
18 августа 1939 года министерство внутренних дел издало распоряжение об обязательной регистрации всех детей с физической или умственной инвалидностью. Параллельно проходила акция по статистическому учёту физических инвалидов и душевнобольных, проживавших в учреждениях Германского рейха[26].
В самом начале действия программы уничтожались только неизлечимо больные дети до 3 лет, позднее мера распространилась и на подростков до 17-летнего возраста. Приговор о смерти выносился без серьёзной диагностики. До конца войны примерно в 30 специализированных детских отделениях было убито[26], по неполным данным[25], не менее 5000 детей-инвалидов[26].
Информация о детях-инвалидах отсылалась в Берлин, где её рассматривали 3 медицинских эксперта, принимавших решение, следует ли подвергать того или иного ребёнка «эвтаназии». Решение принималось без согласия родителей. Детей, отобранных для смерти, отправляли в один из назначенных центров для убийства в Германии, в то же время родителям сообщалось, что их детей переводят в другую клинику в целях добиться «лучшего и более эффективного лечения». Убийства совершались с помощью инъекций барбитуратов; в некоторых случаях детей просто переставали кормить, из-за чего они умирали от голода. Родителей погибшего ребёнка информировали в форме письма, что ребёнок умер от воспаления лёгких либо вследствие другой выдуманной причины.[20]
Хотя детская программа распространялась первоначально только на детей в возрасте до 3 лет, этот предельный возраст вскоре был увеличен. Немецкая ассоциация детской и подростковой психиатрии и смежных дисциплин была основана в 1940 году в Вене. На первой конференции было найдено решение проблемы асоциальных несовершеннолетних: врачи определяли ценность жизни каждого ребёнка в соответствии с экономическими критериями. Детей, чья ценность была определена негативным образом (например, те, кто, по-видимому, в будущем не смог бы работать, либо те, чей IQ оказался низким), считалось необходимым направлять на «эвтаназию».[20]
Кроме того, детей использовали в качестве объектов исследования, поскольку немецкие учёные были очень заинтересованы в исследованиях мозга.[20]
