Сам Дарвин понимал эту проблему, отмечая что количество существовавших когда-то промежуточных разновидностей должно быть поистине огромным. Почему же в таком случае каждая геологическая формация и каждый слой не переполнены такими промежуточными звеньями? Действительно, геология не открывает нам такой вполне непрерывной цепи организации, и это, быть может, наиболее очевидное и серьезное возражение, которое может быть сделано против его теории.

Сегодня ситуация мало чем отличается. Приведем высказывания современных ученых: «Палеонтологические свидетельства эволюционных изменений в рамках одной линии наследования весьма скудны. Если теория эволюции верна, то виды возникают в результате изменений видов — предшественников и поэтому следует ожидать наличия ископаемых остатков. Но фактически таких остатков очень мало. В 1859 г. Дарвин не мог привести ни одного такого примера» (М. Ридлей). «Прошло почти 120 лет после Дарвина. За это время наши знания об ископаемых остатках существенно расширились. Теперь мы располагаем четвертью миллиона образцов ископаемых остатков видов, но ситуация при этом существенно не изменилась. Фактические данные относительно эволюции на удивление отрывочны. Ирония нашего положения сегодня заключается в том, что сейчас у нас меньше примеров эволюционного перехода, чем их было во времена Дарвина» (Д. Рауп). «Формы, переходные от одного вида к другому, можно наблюдать сегодня. Можно сделать вывод и об их существовании в прошлом. И все же конечный результат весьма далек от идеально сотканного гобелена, на котором Древо Жизни можно увидеть, просто прослеживая промежуточные звенья: как ныне живущие, так и вымершие существа, соединявшие все виды между собой. Вовсе нет. Биологов гораздо больше поражает дискретность органической формы и общее отсутствие промежуточных звеньев» (Л. Моррис).

Таким образом, одной из главных проблем теории Ч. Дарвина, является проблема отсутствия переходных форм, которая в парадигме универсального эволюционизма переходит в проблему качественных скачков, о чем будет сказано далее.

Третья проблема связана с целесообразностью эволюции.

В телеологическом подходе целесообразность объяснялась тем, что в организмах заложена некая внутренняя цель развития. Либо эта цель задается кем-то внешним — Богом.

В рамках эволюционной теории Дарвина целесообразность рассматривается как результат естественного отбора. По мере развития организмов усложняется процесс взаимодействия с окружающей средой, устойчивость популяции определяется возможностью приспособления ее особей к внешним условиям, с изменением которых меняются и критерии целесообразности. Целесообразным мы называем у организмов все то, что ведет к продолжению жизни особи или вида, нецелесообразным — все то, что укорачивает жизнь.

Критерием отбора в этом случае будет являться устойчивость по отношению к внешней среде. Так, по Эйгену, случайность происхождения кода молекулы ДНК обусловлена критерием устойчивости по отношению к окружающим условиям, причем выбор осуществляется один из множества возможных альтернатив.

В такой трактовке для целесообразности никто потусторонний не нужен, все определяется естественными законами.

Таким образом, целесообразность зависит от внешней среды и определяется ее условиями и состоянием.

С.Д. Хайтун пишет, что у эволюции нет цели, а имеется только направление (вектор), который определяет прогресс эволюции и связан с изменениями, включающими в себя следующее:

— интенсификацию энергообмена и обмена веществ;

— интенсификацию и расширение круговоротов энергии и вещества;

— рост целостности (системности) структур;

— рост связности «всего со всем» и открытости систем;

— «поэтажное» возрастание сложности и разнообразия форм;

— нарастание степени негауссовости стационарных и эволюционных временных распределений;

— нарастание степени фрактальности эволюционирующих систем и Вселенной в целом.

Таким образом, идет нарастание сложности, иерархичности эволюционирующих структур. Это дало повод во второй половине ХХ века говорить ученым об эволюции самой эволюции. Тем не менее, как подчеркивает С.В. Мейен, в целом можно сказать, что хотя проблема эволюции заслуживает внимания, но до ее содержательной разработки, а не простого перечня высказываний, по-видимому еще очень далеко.

Эволюции подвергались и сами эволюционные теории, что на сегодняшний день привело к формированию основных методологических концепций эволюционно-синергетической парадигмы, которыми являются концепции самоорганизации и глобального эволюционизма.